Bienvenue sur le site de l’UE Bio110

Vocation de l’UE Bio110

Concept de base

– faire découvrir aux étudiants la diversité de la biologie : biologie cellulaire, biologie moléculaire, physiologie, biochimie, écologie, virologie, biologie comportementale,  biologie végétale, génome, …

– montrer l’importance de l’interdisciplinarité en biologie,

– mettre en lumière les domaines forts de la biologie sur le site de Grenoble.

Objectifs pédagogiques

– développer / renforcer les connaissances (en biologie) des étudiants,

– développer à la fois l’autonomie de l’étudiant et le travail en groupe,

– acquérir une formation à la recherche bibliographique (par les documentalistes de la BU),

– favoriser le dialogue entre étudiants et enseignants.

Organisation pratique de Bio110

L’UE est organisée en 2 parties distinctes :

–       la 1ère, avant les vacances de la Toussaint, consiste en une série de 11 cours-conférences, regroupées par thèmes, associées à 6 séances de TD.

–       la 2nde consiste en une série de 16 séances de cours/TD, comportant chacune un exposé par un ou deux étudiants.

Afin de vous aider à préparer ces exposés vous aurez aussi l’obligation d’assister à une séance d’initiation à la recherche bibliographique et à deux séances de préparation aux exposés en petits groupes. La séance d’initiation à la recherche bibliographique, consacrée aux techniques de recherche documentaire et à l’utilisation de la Bibliothèque Universitaire (BU), aura lieu à la BU et sera encadrée par les bibliothécaires.

Accès aux informations concernant BIO110

LES PANNEAUX D’AFFICHAGE

Il est de votre responsabilité de vous tenir régulièrement informé, si possible tous les jours, en consultant les panneaux d’affichage qui vous concernent. Sur ces panneaux sont affichés les emplois du temps, les choix et les inscriptions pour les exposés, les dates d’examen… et les changements de dernière minute !

LE SITE INTERNET DE L’UE  BIO110

Consultez le portail des universités grenobloises : http://el2prps.grenet.fr/portal/dt (lien direct depuis la page d’accueil du site de l’UJF http://www.ujf-grenoble.fr).

Cliquer dans l’onglet « cours » dans le menu du haut de page, puis suivre le lien vers le site pédagogique de l’UJF. Dans la liste de droite cliquer le lien vers le site pédagogique du DLST, descendre en bas de page vers les UE de Valence et cliquer CHB (chimie-biologie) ou BIN (biologie-informatique). Choisir enfin BIO110. Les informations générales (planning, consignes…), les documents de cours ou TD, des annales, y sont disponibles (documents pdf en général).

Pour contacter les enseignants ou les responsables de l’UE :

–        en priorité, allez les rencontrer à la fin des cours et des TD, c’est ce qu’il y a de plus efficace !

–       contactez-les par mail (nicolas.caudron@ujf-grenoble.fr)

REGLEMENT DE BIO110

La présence à tous les cours et TD est OBLIGATOIRE. En TD, l’assiduité est contrôlée par émargement : toute absence doit être justifiée auprès de la scolarité (certificat médical, convocation à un examen…). Attention, la validité de la justification reste à l’appréciation du président du jury d’examen.

Calcul des notes.

BIO110 compte 4 épreuves : 3 examens de contrôle continu (CC1,  CC2 et CC3) + un examen terminal (1ère ou 2ème session).

Note finale : (0,2 CC1) + (0,2 CC2) + (0,2 CC3) + (0,4 examen terminal)

Tout étudiant dont la note finale à l’issue de la 1ière session serait inférieure à 10/20 pourra repasser l’examen terminal en deuxième session. Les notes de contrôle continu sont conservées pour la 2e session d’examens.

Description des épreuves.

CC1 : QCM de 20-30 questions et 5-10 questions à réponse brève (petit paragraphe, schéma, légendes à compléter…) sur les cours-conférences et les TD associés, y compris sur le TD ayant lieu à la médiathèque. Durée de l’épreuve : 1h30. Documents et calculatrice non autorisés.

Pour chaque question, il vous sera proposé 5 réponses. Vous devrez choisir une et une seule réponse parmi ces propositions.

CC2 : Exposé en séance de TD et réponses aux questions.

Calcul de la note (sur 20) : Sont évalués quatre critères à parts égales 1-la qualité du support (qualité et pertinence des illustrations par rapport au sujet traité, utilisation des illustrations,…), 2- la qualité de l’exposé (aisance à l’oral, précision du vocabulaire, rythme dynamique de l’exposé, interactivité avec l’auditoire,…), 3- la structure de l’exposé (logique du plan choisi, exactitude des informations, analyse critique du sujet,…), 4- la qualité des réponses aux questions.

Remarques importantes :

Pour cette épreuve, vous devez choisir un sujet parmi la liste proposée et vous inscrire. Les inscriptions aux exposés se feront lors des séances de TD. Date limite d’inscription : Vendredi 8 octobre. TOUT ETUDIANT NON INSCRIT APRES LA DATE LIMITE AURA 0/20 au CC2. Affichage définitif des choix d’exposés, après modification éventuelle par l’équipe enseignante, le mercredi 7 octobre.

Dans chaque groupe de TD, tous les exposés doivent être choisis par au moins un étudiant. Nous vous encourageons donc à travailler en monôme et à ne vous inscrire en binôme que si tous les exposés ont déjà été choisis. ATTENTION : si nécessaire l’équipe enseignante dissociera des binômes et affectera l’un des membres à un exposé qui n‘aurait été choisi par personne !

Deux étudiants d’un même binôme peuvent avoir des notes différentes.

Un exposé non réalisé au cours de la séance prévue entraîne une note de 0/20 pour le CC2.

CC3 : deux interrogations rapides en cours de semestre. Il s’agit de quelques QCM et questions demandant une réponse courte ou un schéma. L’objectif est, surtout pour la première, de vous positionner par rapport aux exigences de l’examen et de repérer les étudiants en difficulté auxquels des séances de tutorat spécifiques seront proposées. La note de CC3 sera la moyenne des deux interrogations, pondérée par l’assiduité aux TD. Ni calculatrice, ni documents.

Examen terminal de 1ère session : QCM et questions courtes portant sur les séances de TD-exposé. Durée de l’épreuve : 1h30. La note est calculée comme dans le cas du QCM pour le CC1. Ni calculatrice, ni documents.

Examen terminal de 2ème session : QCM et questions courtes portant sur l’ensemble de l’UE (cours-conférences t les TD associés, TD ayant lieu à la BU, séances de TD-exposés). Durée de l’épreuve : 1h30. L’examen sera organisé en fin de second semestre. La note est calculée comme dans le cas du QCM pour le CC1. Les notes de contrôle continu sont conservées pour la 2ème session d’examens.(NB : selon le nombre de candidats, l’examen de 2ème session pourra prendre la forme de 30 minutes d’interrogation orale sur la totalité de l’UE). Ni calculatrice, ni documents.

Déroulement de l’UE

L’UE se déroule en trois parties :

De la rentrée au vendredi 15 octobre :

11 conférences et 6 TD sur quelques thèmes importants de la biologie actuelle. Les TD permettent soit de préparer, soit d’approfondir, soit d’élargir certains aspects développés lors des conférences.

Du lundi 18 octobre au lundi 8 novembre :

Préparation des exposés avec pour chaque exposé deux séances d’aide par les enseignants, une avant et une après les vacances de la Toussaint.

Du mercredi 10 novembre au vendredi 17 décembre :

16 séances de TD groupées en quatre thématiques. Au cours de chaque séance, un (ou deux) étudiants présentera(ont) un exposé.

Le CC1 aura lieu le 2 ou le 3 novembre ; l’examen terminal de première session au cours de la première semaine de janvier 2011 et l’examen de seconde session en juin 2011.

Contenu et modalités pédagogiques de l’UE

Liste des conférences et TD associés, classés par thèmes

LES AGENTS INFECTIEUX

Conférences 6 et 7 : Les bactéries, Y. Markowicz, UJF

TD : Les agents infectieux.

EVOLUTION ET DEVELOPPEMENT DES PLANTES A FLEURS

Conférence 1 : Histoire des plantes, V.Stoppin-Mellet, UJF

Conférence 3 : Le développement des plantes, M. Herzog, UJF

Conférence 11 : Introduction à la phylogénie moléculaire. Application à l’évolution des végétaux, O. Bastien, CNRS

TD : La fécondation chez les végétaux supérieurs.

ECOLOGIE

Conférence 2 : Une planète en danger : la terre, P. Ravanel, UJF

TD : Génétique pour la conservation des espèces. Le cas de l’ours brun.

NEUROSCIENCES

Conférences 8 et 9 : Introduction aux neurosciences, I. Lebrun, UJF

TD : Neurones et potentiel d’action.

QUELQUES THEMES MAJEURS DE LA BIOLOGIE ACTUELLE

Conférence 10 : Clonage des Mammifères, S. Nonchev, UJF

Conférence 4 : Epigénétique, C. Vourc’h, UJF

Conférence 5 : Un sucre vous manque et rien ne va plus, C. Breton, UJF

TD : Introduction aux glycosciences.

TD : Les premières étapes du développement animal chez deux organismes modèles, le xénope et la drosophile

Les TD de préparation aux exposés

Deux séances de TD sont utilisées pour vous aider dans la préparation, la conception et la réalisation d’un EXPOSÉ SCIENTIFIQUE. Elles sont obligatoires.

L’enseignant aura pour mission d’orienter le travail des étudiants, aussi bien concernant la recherche bibliographique que la forme de l’exposé, et éventuellement son contenu :

–       pour définir le thème du projet personnel et éviter la dispersion,

–       pour organiser et structurer leur recherche bibliographique,

–       pour préparer matériellement l’exposé oral.

Les séances de TD avec exposé

Chaque séance de cours/TD portera sur un thème précis. Une sous-partie de ce thème sera traitée par les étudiants sous forme d’un exposé noté (CC2). Le TD sera complété par l’enseignant.

Une séance type se décompose en trois parties (environ 30 minutes chacune).

1- Un EXPOSE (20 minutes), présenté par 1 ou 2 étudiants. Les sujets proposés seront choisis parmi les 16 thèmes de la liste ci-dessous. A la fin de l’exposé, l’enseignant interrogera les étudiants ayant présenté l’exposé. Les réponses à ces questions sont aussi notées. L’exposé sera suivi d’une critique faite par l’enseignant, puis d’une discussion par l’ensemble des étudiants du groupe de TD.

Modalités de l’exposé :

• 20 minutes. Les enseignants arrêteront les exposés en cours de route, au détriment de la note, si le temps est dépassé de manière significative.

• Pour les illustrations, vous pourrez utiliser le tableau, des transparents ou le vidéoprojecteur.

2- Une DISCUSSION-DEBAT entre les étudiants, sur le thème exposé. Cette discussion doit être animée par le(s) étudiant(s) ayant préparé l’exposé, avec l’aide de l’enseignant. Le but est d’amener progressivement les étudiants à avoir une attitude critique vis-à-vis des exposés.

3- Des COMPLEMENTS et des éventuelles corrections sur le sujet traité, apportés par l’enseignant.

Thèmes des 16 exposés

BIOLOGIE CELLULAIRE

TD1- Propriétés et fonctions des molécules du vivant.

Exposé : De l’acide aminé à la protéine fonctionnelle. Expliquez comment sont construites les protéines à partir des acides aminés. Expliquez comment les propriétés des acides aminés et de leurs chaînes latérales modulent la structure des protéines. Illustrez vos propos en donnant les exemples d’une protéine globulaire, d’une protéine fibreuse, d’une protéine membranaire, etc. Expliquez à quoi correspond la structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire des protéines. Ne pas exposer les mécanismes de traduction (hors sujet).

TD2- Les membranes et parois cellulaires.

Exposé : Les membranes biologiques. Qu’appelle-t-on « membranes biologiques » ? Où les trouve-t-on dans les cellules ? A quoi servent-elles ? Qu’est ce qui dans leur composition leur confère leurs propriétés fonctionnelles ?

TD3- Les cellules et leur environnement : la communication intercellulaire.

Exposé : Les différents modes de communication intercellulaire chez les organismes pluricellulaires. Exposer brièvement les voies de signalisation permettant la communication entre les cellules eucaryotes. Choisir un exemple (au choix) de voies d’activation dont vous détaillerez les cascades moléculaires mises en jeu.

TD4- Structure, stabilité et fonctions des génomes.

Exposé : Les télomères. Expliquez ce que sont les télomères, ainsi que les liens entre les télomères et le cancer, et les télomères et le vieillissement.

TD5- Le contrôle de l’expression des gènes et de l’activité des protéines.

Exposé : Le contrôle de l’expression des gènes chez les procaryotes : l’exemple de l’opéron lactose. Expliquez comment les bactéries régulent les gènes du catabolisme du lactose en fonction du milieu nutritif dans lequel elles sont (lactose, glucose ou les deux). Lors de votre exposé, prenez particulièrement soin de définir les protéines et les régions de l’ADN impliquées.

TD6- La différenciation cellulaire et la mort cellulaire.

Exposé : Mort d’une cellule différenciée par apoptose ou suicide cellulaire. Qu’est ce que le suicide cellulaire ? Dans quelles circonstances l’observe-t-on?

Références générales pour les TD 1 à 6

– Ouvrages généraux de biologie cellulaire, de biochimie et de biologie du développement de la BU ou de la bibliothèque de médecine. Parmi d’autres :

• Biologie. Raven, Johnson, Losos, Singer Ed. De Boek, 7ième édition 2007

• Biologie Cellulaire. T.D . Pollard & W.C. Earnshaw. Editions Elsevier – campus référence

• Biologie moléculaire de la cellule. Médecine et Sciences. Flammarion

• Site de Jussieu http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/index.htm

• les conférences de la cité des sciences http://www.universcience.fr/fr/conferences-du-college/) et de l’Université de tous les savoirs sur canal U (http://www.canal-u.fr/). Voir notamment les conférences de M. Bornens et de D. Chatenay.

RECONNAISSANCE ET INTERACTION ENTRE CELLULES ET ORGANISMES

TD7- Groupes sanguins : découverte, structures.

Exposé : Les groupes sanguins ABO. Définir les groupes sanguins ABO, leurs structures (glycannique), leur découverte (historique) et les implications de cette découverte pour les transfusions sanguines. Des groupes sanguins, pourquoi faire ? Signification biologique ?

Bibliographie : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/gpes-sanguins/

TD8- Greffes et transplantations.

Exposé : Les xénotransplantations – enjeux, problèmes techniques et éthiques associés aux xénotransplantations. Pourquoi avoir recours à la xénotransplantation ? Quel est le donneur idéal ? Les problèmes techniques à surmonter (sauter la barrière des espèces). Questions de bioéthique posées par les xénotransplantations.

Bibliographie : http://www.frm.org/dossiers/transplantation-d-organes/sommaire.htm, http://www.xeno.cpha.ca/francais/index_f.htm, La Recherche n°320, Mai 1999

TD9- Rôles des sucres dans les interactions microbe-cellule hôte.

Exposé : Le virus de la grippe. A travers l’exemple du virus de la grippe, montrer comment les sucres sont utilisés comme portes d’entrées (voire de dissémination) par des pathogènes. Imaginer des stratégies pour développer de nouveaux médicaments anti-infectieux.

Bibliographie : article ‘Scientific American » : Sweet » medicine (juillet 2002, p24), http://www.pasteur.fr/actu/presse/documentation/grippe.html

TD10- Les symbioses racinaires.

Exposé: la symbiose rhizobium-légumineuse. Les microorganismes peuvent interagir avec les plantes, soit de façon bénéfique (symbiose) soit, au contraire, au détriment du végétal (parasitisme). Ces interactions se traduisent par des perturbations importantes du métabolisme et du développement des végétaux. L’exemple de symbiose le plus connu est celui des bactéries du sol (du genre Rhizobium) Décrire cette association symbiotique, qui fait intervenir des sucres, les intérêts pour les 2 partenaires et les enjeux agronomiques.

Bibliographie : http://www.astrobgs.dyndns.org/astro2/utls1/crdenarie.htm#azote, http://biosol.free.fr/liens/rhizo2003/page_accueil.html

PHYSIOLOGIE ANIMALE ET VEGETALE

TD11- La stabilité du milieu intérieur et son maintien par les régulations physiologiques

Exposé : Le sang : trait d’union entre les organes. Le sang est une partie du milieu intérieur (donc de composition stable) qui est circulant. Il a de nombreux rôles dans le fonctionnement de l’organisme. Vous détaillerez dans cet exposé son rôle fondamental de lien entre des organes spécialisés qui doivent coopérer pour assurer les fonctions physiologiques (liquide transportant des nutriments, des gaz respiratoires, des messagers chimiques,…).

TD12- La notion d’homéostasie : la régulation hydrique chez les animaux.

Exposé : Le rôle de l’eau et la régulation hydrique chez l’homme. Après avoir expliqué en quoi l’eau est un composant indispensable du vivant, vous vous intéresserez à la régulation de la quantité d’eau de l’organisme humain (régulation hydrique) : équilibre hydrique résultant des entrées et des pertes d’eau, sources de déséquilibres et mécanismes de régulation.

TD13- La notion d’homéostasie : l’eau chez les plantes

Exposé : Le rôle de l’eau et les mécanismes de régulation de l’eau chez les plantes terrestres. Ce thème concerne les végétaux verts adaptés à la vie terrestre ce qui est conditionné par trois acquisitions apparues au cours de l’évolution à savoir : (i) créer un organe de capture de l’eau (la racine et ses poils absorbants), (ii) créer des systèmes de conduction de l’eau (le xylème), (iii) créer un système d’évaporation contrôlé par la synthèse de protections apoplastiques contre les pertes d’eau (cuticule, suber) et par un système physiologiquement régulé (le stomate).

Références : Abrégé de Physiologie Végétale. Nutrition. 1er et 2ème cycle. Chapitres 2C, 3, 4. R. Heller, R. Esnault, C. Lance. Editions Dunod, Physiologie végétale. W. Hopkins, S. Rambourg, C-M Evrard, Editions De Boeck.

TD14- La notion d’homéostasie : la thermorégulation

Exposé : La réponse du système vasculaire aux modifications de température de l’environnement, chez l’homme. Le système vasculaire est un des effecteurs de la thermorégulation. Vous présenterez le déroulement et les mécanismes d’une réponse du système vasculaire en cas de déséquilibre thermique chez l’Homme.

Références Ouvrages de physiologie humaine disponibles à la BU. Notamment : 1- Principes d’anatomie et de physiologie. GJ Tortora et SR Grabowski. 1994. Ed : De Boeck Université, 2- Anatomie et physiologie humaines. EN Marieb. 1993. Ed : Editions du renouveau pédagogique, 3-Pocock Gillian. Physiologie humaine. Masson, 2004, 4-Sherwood Lauralee. Physiologie humaine. De Boeck, 2006, De Boeck Université.

ECOLOGIE

TD15- Biodiversité et changement climatique.

Exposé : Les changements climatiques, en particulier le réchauffement global, affectent la végétation. Vous présenterez les méthodes permettant de simuler la distribution actuelle des plantes et leur distribution future en fonction du réchauffement climatique. Vous prendrez notamment le cas de l’Europe en 2080.

Références : 1. Réf. Chuine et Thuiller. Impact du changement climatique sur la biodiversité. Le courrier de la Nature Nov/Déc 2005. n°223. pp20-26: (disponible sur le site BIO110), 2. Thuiller, W., S. Lavorel, M. B. Araujo, M. T. Sykes, and I. C. Prentice. 2005. Climate change threats to plant diversity in Europe. PNAS 102:8245-8250. 3. site de l’IFB: http://gisclimat.fr/science-en-question-changement-climatique-et-biodiversite

TD16- Stress et adaptations chez les plantes alpines

Exposé : Les plantes de montagne sont exposées à de multiples stress comme le froid, l’excès de lumière (dont les UV), la déshydratation par les vents…Vous présenterez les principales stratégies mises en œuvre par les plantes pour faire face à ces stress.

Références : 1- S. AUBERT & al. (2003) « Les plantes alpines : une vie en milieu extrême » In La montagne et Alpinisme (revue du Club Alpin Français) – N°2/2003, pp 44-50 (disponible sur le site BIO110) 2- Site internet: http://sajf.ujf-grenoble.fr/ >Botanique>Ressources pédagogiques 3- C. KOERNER (1999) Alpine plant life; Functional plant ecology of high mountain ecosystems. Ed Springer-Verlag

Et maintenant, pour terminer :

Les livres et les articles cités sont des points de départ pour vos recherches. Les recherches sur d’autres documents non cités ici sont recommandées ! Pensez à travailler avec les éditions les plus récentes des ouvrages. Enfin n’hésitez pas à obtenir des informations auprès de toute personne compétente (chercheurs, enseignants, médecins,…) travaillant dans le domaine de votre exposé. Vous pouvez aussi contacter des associations susceptibles d’avoir des informations intéressantes.

Les recherches sur internet sont possibles, voire recommandées, pour tous les exposés (même quand « internet » ne figure pas dans les références de l’exposé) … MAIS vous devez vous assurer de la CRÉDIBILITÉ de vos sources si vous en trouvez sur internet.

Tout n’est pas digne de foi sur internet (comme partout ailleurs) !

Privilégiez les sites faisant références (sites du CNRS, du CEA, de l’INSERM, des universités, du Généthon, de l’Institut Pasteur, sites rédigés par des enseignants,…). Il existe d’excellentes sources d’informations rédigées en langues étrangères, principalement en anglais : n’hésitez pas !!!

Vous devez citer vos sources : livres, articles, sites internet (adresse, identification, site officiel ou personnel, …)

– Choisissez un thème d’exposé de CC2 dans la liste des 16 sujets d’exposés.

Attention, les exposés de CC2 ne seront pas forcément réalisés en binômes. Dans chaque groupe de TD, chacun des 16 exposés devra dans un premier temps être choisi par au moins un étudiant, et ce n’est qu’ensuite qu’il sera autorisé de s’associer en binôme pour préparer un exposé. Si cette condition n’était pas réalisée, c’est-à-dire si un ou plusieurs exposés n’étaient pas choisi(s) à l’issue de la procédure d’inscription, les responsables de l’UE se réservent le droit de déplacer d’office des étudiants (éventuellement en séparant des binômes) afin que les 16 exposés soient traités.

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